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iTRAQ（Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation）属同重元素标签（isobaric）家族的早期代表：多套样品在蛋白酶切后用不同同位素组成但近似相同总质量的标签酰胺化连接于肽段末端或 Lys 侧链。混合进样后的一级质谱中不同通道标
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标记质谱定量并不是单独仪器模式，而是样品层面先引入可被质谱读出的质量或信号差异编码，再把混合样品一次进机，用 MS1 质量差、MS2 reporter 或色谱峰面积提取实现各通道相对丰度。代谢标记（体内）典型为细胞培养时掺入稳定同位素氨基酸（SILAC）；提取后体外标记则包括 iTRAQ/TMT
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LC-MS/MS 指液相色谱将混合物按保留时间铺开，随后在质谱中进行母离子选择与碰撞诱导解离，用碎片谱实现定性与靶向定量。相较于单次 MS 扫描，串联配置把色谱共洗脱混合物拆分问题与未知或共洗脱组分确认联合起来，因而在代谢物、兽药残留、生物药杂质与蛋白酶解肽段等多类场景里是常规主力。 色谱只接
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在文献与商务页面里偶尔会看到代谢组自下而上这一组合词，但其中 bottom‑up 的起源其实来自蛋白质谱：不把完整蛋白直接打入质量分析器做 top‑down，而是先酶切成肽，由肽段图谱再反推蛋白质身份。这一由片段推整体的范式与代谢组里常见的由谱峰指认代谢物单体截然不同——
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联合分析不是要把两个庞大数据表硬拼成一张更大表，而是在统一生物学假设下，让转录变化与代谢末端表型互为证据：前者提示调控候选，后者刻画功能执行层面的化学读出。理想情况下两组学来自层级对应的样本——同一时间点、同一处理梯度、可追溯的个体差异——再配合严
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植物代谢组学在同一株植物上同时面对极高化学多样性：糖酸、氨基酸、生物碱、萜类、酚酸、类黄酮等往往共现于一次提取液。研究问题决定关注初生代谢通路（碳氮流、能量）还是次生代谢（抗逆、品质、药用成分）——两者前处理与色谱体系并不总是可一套到底。 关键挑战 主题 实操提示
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宏蛋白质（或称环境蛋白质、宏蛋白）指来自土壤、水体、淤泥、发酵体系、肠道群落等环境中的微生物所表达的蛋白质集合。与传统的培养单菌株蛋白质组相比，样品往往具有基质复杂、物种混合、动态范围大等特点。所谓宏蛋白质测序，核心目标仍是对混合物中的肽/蛋白进行序列层面的解析：阐明肽链数目与连接关系、推断氨基
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蛋白质甲基化指活性甲基供体在一系列酶的作用下，将甲基共价转移至蛋白侧链的反应；其中精氨酸甲基化可呈单/双甲基化形式，赖氨酸甲基化常见单、双、三甲基梯度。若以质谱进行检测，我们通常无法直接读出整块蛋白胶片上的甲基化条带，而是以酶切成肽 → 色谱分离 → 多级质谱为核心，通过在肽
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